“临床病原微生物感染与耐药性研究专栏” 栏目所有文章列表

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  • 临床病原微生物感染与耐药性研究专栏
    杨丹, 赵东晓, 陶佳, 黄文辉, 樊瑞军, 惠燕霞, 陈婷, 张勇, 贾伟, 李刚
    中国热带医学. 2024, 24(12): 1433-1438. https://doi.org/10.13604/j.cnki.46-1064/r.2024.12.01

    目的 分析中国西部地区2021年临床分离细菌对各类抗菌药物的耐药性,为指导临床合理使用抗菌药物、控制医院感染提供参考依据。方法 收集西北地区5个自治区和省(宁夏690株,甘肃141株,新疆133株,青海179株,陕西151株)9家医院2021年临床分离的细菌,MALDI-TOF MS进行菌株鉴定,全自动药敏分析仪检测细菌对抗菌药物的最低抑菌浓度值,参照2021年临床实验室标准协会(Clinical and Laboratory Standards Institute, CLSI)标准判读药敏试验结果。结果 共收集临床菌株1 294株(非重复株),主要标本来源为痰标本312株(24.11%)、尿液235株(18.16%)、脓液147株(11.36%)、血液128株(9.89%)等。1 294株病原菌中革兰阴性菌占69.47%,革兰阳性菌占30.53%,肠杆菌科细菌主要包括大肠埃希菌258株 (19.94%)、肺炎克雷伯菌166株(12.83%)、阴沟肠杆菌39株(3.01%)、产酸克雷伯菌36株(2.78%);不发酵糖革兰阴性菌占所有分离菌的20.63%,主要包括铜绿假单胞菌129株(9.97%)、鲍曼不动杆菌87株(6.72%);革兰阳性菌主要为金黄色葡萄球菌267株(20.63%)、屎肠球菌68株(5.26%)、粪肠球菌48株(3.71%)。肠杆菌科细菌对碳青霉烯类抗菌药物仍高度敏感,但产酸克雷伯菌的耐药率高于15.0%。铜绿假单胞菌对亚胺培南和美罗培南的耐药率分别为29.5%和14.0%;鲍曼不动杆菌对上述两药的耐药率均为63.2%。耐甲氧西林金黄色葡萄球菌检出率为36.7%, 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌对绝大多数测试药的耐药率均显著高于甲氧西林敏感的金黄色葡萄球菌,未发现万古霉素、利奈唑胺、替考拉宁耐药的金黄色葡萄球菌。肠球菌属中屎肠球菌对多数测试抗菌药物的耐药率高于粪肠球菌,两者中均有少数万古霉素耐药株。结论 西部地区临床分离病原菌耐药情况依然严峻,医疗机构应继续加强细菌耐药监测工作,规范管理及使用抗菌药物,减少耐药菌在医院内传播和扩散。

  • 临床病原微生物感染与耐药性研究专栏
    俞凤, 蒋沁炆, 胡龙华, 金桂林, 袁方
    中国热带医学. 2024, 24(12): 1439-1444. https://doi.org/10.13604/j.cnki.46-1064/r.2024.12.02

    目的 分析产不同碳青霉烯酶肠杆菌目细菌(carbapenem-resistant Enterobacteriaceae,CRE)对抗菌药物的敏感性,及不同碳青霉烯酶检测方法学的比较,为临床应对CRE的抗感染治疗提供参考依据。方法 收集2021年1月—2022年8月江西省南昌市某三甲医院临床样本中分离的CRE菌株88株,采用MALDI-TOF MS进行菌种鉴定及Vitek 2-compact 检测其对常用抗菌药物敏感性,用肉汤微量稀释法检测头孢他啶/阿维巴坦和多黏菌素B对CRE的敏感性。碳青霉烯酶抑制剂增强试验筛查其碳青霉烯酶表型,聚合酶链反应(polymerase chain reaction, PCR)方法检测5种碳青霉烯酶耐药基因:肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶(Klebsiella pneumoniae carbapenemases, blaKPC)、新德里金属-β-内酰胺酶(New Delhi metallo-beta-lactamase-1, blaNDM)、亚胺培南水解β-内酰胺酶(Imipenem hydrolyzing β-lactamase, blaIMP)、维罗纳整合子编码的金属内酰胺酶(metal β-lactamase of Verona integron, blaVIM)及苯唑西林水解碳青霉烯酶(oxacillin-hydrolyzing carbapenemase, blaOXA-48-like)基因,比较碳青霉烯酶表型与基因结果的一致性。结果 CRE感染患者主要以男性为主(58例),年龄(63.4±14.2)岁,主要分布于神经外科(26.1%,23/88)、重症监护室(17.0%,15/88)和康复科(15.9%,14/88)。阳性标本来源主要为呼吸道分泌物(60.2%,53/88)、尿液(21.6%,19/88)和血液(5.7%,5/88)。药敏试验结果显示,CRE对头孢菌素及哌拉西林/他唑巴坦耐药率最高,达95%以上,对替加环素及多黏菌素B的耐药率最低,分别为4.5%(4/88)和1.1%(1/88)。碳青霉烯酶表型检测结果显示,产A类丝氨酸酶、B类金属酶和同时产A类与B类碳青霉烯酶菌株分别占69.4%(61/88)、28.4%(25/88)和1.1%(1/88)。PCR扩增碳青霉烯酶基因结果显示,携带A类耐药基因blaKPC、携带B类耐药基因blaNDMblaIMP、同时携带blaKPC+NDM分别占70.5%(62/88)、28.4%(25/88)和1.1%(1/88),与酶表型结果一致率较高。单独携带blaKPC菌株对头孢他啶/阿维巴坦的敏感率为91.9%(57/62),携带blaNDMblaIMP对头孢他啶/阿维巴坦全部高水平耐药,占耐头孢他啶/阿维巴坦菌株的83.3%(25/30)。结论 CRE菌株对头孢他啶/阿维巴坦的耐药机制主要以产NDM型金属酶为主,对单产KPC型CRE菌株的敏感性较高,个别单产KPC酶的头孢他啶/阿维巴坦耐药株为blaKPC-2突变所致。此外,酶表型抑制增强试验和头孢他啶/阿维巴坦体外药敏试验建议在临床开展,为合理选择抗菌药物作依据。

  • 临床病原微生物感染与耐药性研究专栏
    俞俊岭, 孙永, 何军, 罗婉蓉, 方惟希, 周雪, 桂红芽, 李卫东
    中国热带医学. 2024, 24(12): 1445-1451. https://doi.org/10.13604/j.cnki.46-1064/r.2024.12.03

    目的 了解安徽省流感病毒流行株耐药情况,并分析病毒神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因变异和分子进化特征,为安徽省流感防控及临床用药提供参考。方法 采集2021—2024年度安徽省流感样病例咽拭子标本,进行核酸检测和病毒分离;随机选择70株分离获得的流感病毒流行株,采用NA活性抑制实验检测病毒对神经氨酸酶抑制剂(neuraminidase inhibitor, NAI)的敏感性,采用病毒基因组测序和分子生物学软件分析病毒NA基因分子进化特征。结果 70株流感病毒流行株中仅有1株H1N1pdm亚型甲型流感病毒对扎那米韦敏感性降低(IC50=1.252 nmol/L),其余流行株均对奥司他韦和扎那米韦敏感,未发现NAI敏感性高度降低毒株;同时氨基酸序列分析也未发现NA催化活性及辅助区域关键氨基酸位点的突变,但不同型别流感病毒对不同NAI药物的IC50存在极显著差异;NA基因遗传进化树显示,20株乙型流感病毒与当年的疫苗株共同归属于Clade A.1分支,40株甲型流感病毒(H3N2亚型)中仅有1株流行株与疫苗株不同,聚为Clade A.2分支,其余39株与疫苗株共同分属Clade B分支。结论 安徽省2021—2024年度流感病毒流行株中,98.6%(69/70)的毒株对NAI药物保持敏感,但病毒NA基因存在持续变异风险,随着药物的广泛使用,应不断加强流感病毒耐药性监测工作,以便更好地指导传染病防控和临床用药。

  • 临床病原微生物感染与耐药性研究专栏
    何丽, 崔晓娴, 沈小婷, 王凯悦, 王雅新, 钱雨澜, 王慧珍, 陆一涵, 丰俊, 陶艳琳
    中国热带医学. 2024, 24(12): 1452-1457. https://doi.org/10.13604/j.cnki.46-1064/r.2024.12.04

    目的 分析2017—2023年上海市徐汇区成人腹泻病的流行特征、变化趋势、影响因素及病原谱构成,为腹泻病病原监测和疾病防控提供科学依据。方法 收集2017—2023年徐汇区哨点医院成人腹泻病患者标本,用实时荧光定量PCR法(real time quantitative polymerase chain reaction, qPCR)对肠道致病菌进行核酸检测。对其中30份标本进行鸟枪法宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS),以METAMIC种或属水平上每百万次总读数至少超过1个reads的物种作为宏基因组阳性病原体的判定标准。构建并比较qPCR和mNGS检出的病原谱差异。结果 共收集1 265份成人腹泻病标本,年度病原阳性率呈显著性上升趋势(χ2 =23.493,P<0.05),2023年最高,达64.9%(100/154)。男性发病较高(52.9%,669/1 265),26~45岁为主要发病人群(51.8%,655/1 265),夏秋季是感染高发季节(67.7%,857/1 265)。大部分患者(72.3%,914/1 265)能在发病后1 d内及时就诊。67.8%(858/1 265)的患者发病前食用过可疑肉蛋乳和水产品。qPCR结果显示诺如病毒GⅡ型(22.6%,132/584)、空肠弯曲菌(20.0%,117/584)和产肠毒素大肠埃希菌(13.0%,76/584)检出率排在前3位。不同年份病原谱构成差异有统计学意义(χ2=79.578,P<0.05),肠集聚性大肠埃希菌、空肠弯曲菌和诺如病毒GⅡ型是占比变化较大的病原。mNGS结果提示的病原谱与监测结果差异有统计学意义(P<0.05),排在前3位的优势病原分别为轮状病毒(93.3%,28/30)、水泡病毒(83.3%,25/30)和疱疹病毒(80.0%,24/30)。影响因素分析表明,年龄、可疑食品、是否发热是病原检出率影响因素(P<0.05)。结论 2017—2023年上海市徐汇区成人腹泻病总体阳性率呈现上升趋势。夏秋季为感染高发季,其中病毒检出以夏季为主,细菌检出以夏秋季为主。建议mNGS可以与常规的检测技术手段互为补充,为有效防控腹泻病提供科学依据。

  • 临床病原微生物感染与耐药性研究专栏
    张驰, 陈穸, 童锐, 刘小华
    中国热带医学. 2024, 24(12): 1458-1464. https://doi.org/10.13604/j.cnki.46-1064/r.2024.12.05

    目的 分析并掌握2023—2024年上海市闵行区儿童A族链球菌(group A Streptococcus,GAS)引起猩红热的流行特征,为临床治疗和感染控制提供相关信息。方法 收集2023年5月—2024年6月上海市闵行区哨点医院中临床诊断为猩红热的儿童咽拭子样本,采用血平板分离培养细菌,质谱鉴定种属,聚合酶链反应(polymerase chain reaction, PCR)法检测emm基因分型和11种超抗原,微量肉汤稀释法测定菌株对14种抗菌药物的耐药性;对其中68株GAS菌株进行全基因组测序;利用χ2检验和Fisher's确切概率法进行组间比较。结果 共收集305例儿童猩红热病例的咽拭子标本,分离培养获得178株GAS菌株。菌株均对青霉素、头孢噻肟、利奈唑胺、万古霉素、美罗培南、氯霉素、左氧氟沙星、替考拉宁、头孢吡肟敏感,对红霉素、克林霉素、四环素的耐药率分别为99.44%、99.44%和94.94%。存在2种emm型,emm12型(89.33%,159/178)最多,其次为emm1型(10.67%,19/178)。存在26种超抗原基因谱。emm1型GAS的speA基因携带率(94.74%,18/19)高于emm12型(12.00%,32/159)(χ2=46.77,P<0.001)。emm12型GAS的speHspeI基因同时携带率(59.75%,95/159)高于emm1型(0)(χ2=24.35,P<0.001)。全基因组测序结果显示68株GAS菌株全部携带耐药基因ermB,其中98.52%(67/68)携带tetM结论 上海市闵行区儿童非侵袭猩红热大都由emm12型GAS导致,主要对红霉素、克林霉素和四环素具有高度耐药性,且emm12型speHspeI的携带率高于其他型菌株。

  • 临床病原微生物感染与耐药性研究专栏
    郭庆昕, 朱宗林, 王佳稳, 杨会勇, 饶华春
    中国热带医学. 2024, 24(12): 1465-1471. https://doi.org/10.13604/j.cnki.46-1064/r.2024.12.06

    目的 为缩短金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus, SA)检测时间,本研究建立一种基于重组酶介导扩增(recombinase aided amplification, RAA)联合双重核酸侧流层析试纸条法(lateral flow strips, LFS)快速检测SA耐热核酸酶nuc基因和mecA耐药基因。 方法 在SA基因组中nuc基因和mecA基因的保守序列上设计并筛选高效的RAA引物和探针,验证RAA-LFS同时检测nuc基因和mecA基因的反应温度和时间,进行灵敏度、特异度以及与荧光定量聚合酶链反应(quantitative real-time polymerase chain reaction, qPCR)比较,采用2家三甲医院的52瓶非重复阳性血培养进行前瞻性评价。结果 RAA-LFS在20~45 °C下反应15~30 min可同时扩增nucmecA基因,检测下限可达 102 CFU/mL,50株临床分离的非SA菌株验证nucmecA基因的特异度为100%;本实验室保存的30株耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant Staphylococcus aureus, MRSA)和30株甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌(methicillin-sensitive Staphylococcus aureus, MSSA)nuc基因均阳性,mecA基因共有30株阳性,与qPCR的检测阳性符合率和阴性符合率均为100%,一致性检验Kappa值为1 ;在52瓶阳性血培养前瞻性分析中,16株MSSA和6株MRSA与梅里埃VITEK-2 compact微生物检测系统的鉴定和药敏试验检测结果符合率100%。 结论 本研究将核酸释放剂、RAA、核酸侧流层析试纸条法3项技术组合建立了一种可应用于菌落或阳性血培养瓶检测SA及mecA耐药基因,操作简便、快速、敏感性高的检测方法。

  • 临床病原微生物感染与耐药性研究专栏
    李晶晶, 曾妮, 李凌竹, 林丹, 陈敏, 程敏, 查筑红
    中国热带医学. 2024, 24(12): 1472-1479. https://doi.org/10.13604/j.cnki.46-1064/r.2024.12.07

    目的 对贵州省2022年各市州医疗机构多重耐药菌监测数据进行分析,为多重耐药菌防控提供参考。 方法 通过卫生专网监测平台收集2022年贵州省各市州医疗机构7种多重耐药菌(耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、耐万古霉素粪肠球菌、耐万古霉素屎肠球菌、耐碳青霉烯类大肠埃希菌、耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌、耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌和耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌)检出率及医院感染发生率数据并进行分析。结果 共收集到223所医疗机构数据,多重耐药菌总体检出率为12.73%(21 931/172 284),多重耐药菌医院感染发生率为0.04%(1 969/4 532 711)。各市州(贵阳市、遵义市、黔南州、黔东南州、毕节市、铜仁市、黔西南州、安顺市、六盘水市)医疗机构多重耐药菌总体检出率(χ2=1 871.67,P<0.001)、医院感染发生率(χ2=209.91,P<0.001)差异均有统计学意义,三级医疗机构多重耐药菌总体检出率(χ2=2 095.73,P<0.001)、医院感染发生率(χ2=209.91,P<0.001)均高于二级及以下医疗机构。监测的多重耐药菌中耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌检出率及医院感染发生率最高,分别为44.87%(5 896/13 139)、0.015%(658/4 532 711)。 结论 贵州省各市州医疗机构多重耐药菌的检出率及医院感染发生率存在差异,三级医疗机构多重耐药菌医院感染防控压力较大,相关医疗机构应重点关注本地区多重耐药菌流行趋势,及时做好多重耐药菌监测工作,采取针对性措施综合防控多重耐药菌的传播及院内感染的发生。

  • 临床病原微生物感染与耐药性研究专栏
    杨传松, 黄湘宁, 喻华, 邓稀仁
    中国热带医学. 2024, 24(12): 1480-1487. https://doi.org/10.13604/j.cnki.46-1064/r.2024.12.08

    目的 了解四川省腹腔标本分离细菌分布及耐药情况,为选择临床抗菌药物提供参考。方法 按照四川省细菌耐药监测网技术方案,利用WHONET 5.6软件对2019—2023年四川省细菌耐药监测网成员单位上报的腹腔标本分离的细菌及药敏结果数据进行统计分析,同一患者相同细菌仅纳入第1株菌。结果 四川省2019—2023年腹腔标本共分离出22 204株非重复细菌,其中革兰阳性细菌6 023株(27.1%),革兰阴性细菌16 181株(72.9%)。居前10位依次为大肠埃希菌(45.8%,10 179/22 204)、肺炎克雷伯菌(8.1%,1 788/22 204)、屎肠球菌(6.1%,1 361/22 204)、铜绿假单胞菌(5.8%,1 289/22 204)、粪肠球菌(3.0%,676/22 204)、咽峡炎链球菌(3.0%,6 624/22 204)、金黄色葡萄球菌(2.2%,484/22 204)、表皮葡萄球菌(2.1%,473/22 204)、阴沟肠杆菌(2.0%,439/22 204)、星座链球菌(1.8%,399/22 204)。药敏结果显示,5年间大肠埃希菌对环丙沙星和左氧氟沙星的耐药率较为稳定(平均耐药率分别为42.5%和38.8%),其对三代头孢菌素的耐药率呈下降趋势,耐碳青霉烯大肠埃希菌为0.7%~0.8%。肺炎克雷伯菌对头孢曲松、头孢噻肟和头孢他啶的5年平均耐药率分别为24.2%、28.3%和17.8%,耐碳青霉烯肺炎克雷伯为8.2%~9.9%。铜绿假单胞菌对碳青霉烯类、喹诺酮类、头孢他啶、哌拉西林/他唑巴坦等抗菌药物的5年平均耐药率均未超过5.0%。屎肠球菌对环丙沙星、左氧氟沙星和氨苄西林的5年平均耐药率均在80.0%以上,而粪肠球菌对这3种抗菌药物的平均耐药率均低于24.0%。5年间,耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的平均检出率为33.9%,耐万古霉素的屎肠球菌和耐万古霉素的粪肠球菌平均检出率分别为0.8%和0.1%。结论 四川省腹腔标本分离细菌中,阴性菌与阳性菌之比约为7∶3,以大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、屎肠球菌、铜绿假单胞菌和粪肠球菌为主。碳青霉烯类药物对肠杆菌目细菌和铜绿假单胞菌仍保持较高的体外抗菌活性。

  • 临床病原微生物感染与耐药性研究专栏
    王崇圳, 董灵芝, 陈东科, 欧阳汀兰
    中国热带医学. 2024, 24(12): 1488-1493. https://doi.org/10.13604/j.cnki.46-1064/r.2024.12.09

    目的 对3株克斯特丛毛单胞菌(Comamonas kerstersii)进行了一系列生化特性及基因分析,以增进对该菌的了解,为预防和控制与该菌相关的感染和疾病提供一定的参考依据。方法 三亚市人民医院2023年9月—10月3例腹痛腹泻患者粪便标本分别被接种于哥伦比亚血琼脂平板培养基,充分培养后对使用氧化酶试剂结果为阳性的菌株进行单菌落分离和纯培养。之后,使用VITEK2-Compact全自动微生物鉴定及药敏分析系统对目标菌落进行生化鉴定和抗生素药物敏感性的测定,使用VITEK MS质谱仪鉴定细菌所在菌种。同时,提取细菌DNA进行16S rRNA测序和细菌框架图测序,使用多种生物信息学分析工具进行测序分析。结果 本研究培养到了3株氧化酶阳性单菌落,且质谱仪无法鉴定出具体菌种。药敏试验结果表明3株细菌对大多数的抗菌药物敏感,但部分菌株对环丙沙星和复方新诺明耐药。16S rRNA测序将细菌鉴定到了Comamonas属,细菌框架图测序分析表明所有细菌均是克斯特丛毛单胞菌。生物信息学分析表明,3株细菌的毒力因子中均含有与氧化酶阳性的肠道致病菌相关的基因包括气单胞菌属的flmH基因、弧菌属的vctC基因和rmlB基因、耶尔森菌属的flgG基因和flhC基因。病原与宿主互作分析结果提示了目标菌基因组中可能存在引起肠道感染的病原基因。结论 克斯特丛毛单胞菌无法被常规质谱仪鉴定,需要借助测序展开分析。该菌对大多数抗菌药物敏感,但个别菌株对环丙沙星和复方新诺明耐药。克斯特丛毛单胞菌与人类感染,特别是肠道感染,存在一定的相关性,但致病机理有待后续研究。

  • 临床病原微生物感染与耐药性研究专栏
    张婷, 陈静, 王晶, 董蕊锐, 王高莹, 高建一
    中国热带医学. 2024, 24(12): 1494-1500. https://doi.org/10.13604/j.cnki.46-1064/r.2024.12.10

    B族链球菌(Group B Streptococcus, GBS)广泛定植于人体胃肠道和泌尿生殖道。作为围产期的主要致病菌之一,GBS是危害孕产妇及新生儿健康的重要病原体,也是导致新生儿死亡的重要因素之一。GBS可侵袭性感染母体,如绒毛膜羊膜炎、产褥感染、胎膜早破等。在分娩过程中,GBS亦可通过上行或垂直传播致胎儿或新生儿感染,引发新生儿脑膜炎、败血症、肺炎等严重并发症,给新生儿生命健康带来严重威胁。GBS具有与黏附、免疫逃避、侵袭损伤相关的诸多毒力因子,可促进细菌的黏附和损伤,最终进展为侵袭性疾病。为降低GBS感染的风险,许多国家已经建立了产前GBS的普遍筛查和产时抗生素预防治疗策略,但目前仍有一定局限性。系统全面地探讨GBS感染的临床特征、毒力因子、实验室检测方法和疫苗现状等内容,为改善GBS感染的预防策略提供参考依据。