等温扩增技术在疟原虫及巴贝虫检测中的应用
强焜, 徐斌, 胡薇, 郑彬*
中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所(国家热带病研究中心),国家卫生健康委员会寄生虫病原与媒介生物学重点实验室(中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所),世界卫生组织热带病合作中心,科技部国家级热带病国际研究中心/上海交通大学医学院-国家热带病研究中心全球健康学院,上海 200025
*通信作者:郑彬,E-mail:zhengbin@nipd.chinacdc.cn

作者简介:强焜(1995—),男,在读硕士,研究方向:寄生虫病、流行病与卫生统计。

摘要

近年来,等温扩增技术(isothermal amplification technology)凭借恒温条件下对核酸高效率扩增的优势在病原体检测领域展现出了巨大的潜力。疟疾与巴贝虫病作为两类严重危害人类健康的寄生虫病在临床表现与诊断方式上相似,存在误诊的风险。同时,这两类寄生虫病可通过血液传播。因此,高效、快速的检测技术对疟疾与巴贝虫病的诊断和保证血液制品安全有重要的意义。本文对现有针对疟原虫与巴贝虫的环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification, LAMP)、重组酶聚合酶扩增技术(recombinase polymerase amplification, RPA)、重组酶介导等温扩增技术(recombinase-aided amplification,RAA)以及依赖解旋酶等温扩增技术(helicase-dependent amplification, HDA)等四类等温扩增技术的原理、特点及检测方式进行综述并对其应用前景进行展望。

关键词: 等温扩增技术; 疟疾; 巴贝虫病
中图分类号:R531 文献标志码:A 文章编号:1009-9727(2022)01-84-05
Application of isothermal amplification technology in the detection of Plasmodium and babesia
QIANG Kun, XU Bin, HU Wei, ZHENG Bin
National Institute of Parasitic Diseases, Chinese Center for Disease Control and Prevention(Chinese Center for Tropical Diseases Research); NHC Key Laboratory of Parasite and Vector Biology(National Institute of Parasitic Diseases, Chinese Center for Disease Control and Prevention); WHO Collaborating Center for Tropical Diseases; National Center for International Research on Tropical Diseases, Ministry of Science and Technology; School of Global Health, Chinese Center for Tropical Diseases, Shanghai Jiao Tong University School of Medicine, Shanghai 200025, China
Corresponding author: ZHENG Bin, E-mail: zhengbin@nipd.chinacdc.cn
Abstract

In recent years, isothermal amplification technology has shown great potential in the field of pathogen detection by virtue of its advantages in high-efficiency amplification of nucleic acids under constant temperature conditions. Malaria and Babesia, as two types of parasitic diseases that seriously endanger human health, have similar clinical manifestations and diagnostic methods. Two types of parasitic diseases are at risk of misdiagnosis. At the same time, these two types of parasitic diseases can be spread through blood. Therefore, efficient and rapid detection technology is of great significance for the diagnosis of malaria and Babesiosis and ensuring the safety of blood products. In this paper, four types of isothermal amplification techniques,including loop-mediated isothermal amplification (LAMP), recombinase polymerase amplificatio (RPA), recombinase-aided amplification (RAA) and helicase-dependent amplification (HDA) for Plasmodium and Babesia, are reviewed in this article. The principle, characteristics and detection methods of technology are reviewed and their application prospects are prospected.

Keyword: Isothermal amplification technology; malaria; babesiosis

疟疾作为严重危害人类健康的寄生虫病, 在2018年造成了全球约2.28亿人感染与40.5万人死亡。巴贝虫病是一类经蜱虫传播的人兽共患寄生虫病, 患者感染后可出现发热、贫血等类疟疾样症状[1]。在两种疾病均流行的区域存在误诊的风险[2]

病原学检查是巴贝虫病与疟疾实验室诊断的金标准, 也是目前应用最为广泛的方法[3]。两类原虫均存在宿主红细胞内寄生阶段, 虽镜下观察时巴贝虫寄生的红细胞无疟色素, 以此作为依据可区分两类原虫, 但疟原虫发育过程中滋养体初期也存在无疟色素的阶段, 该时期两者在形态上不易鉴别, 因此仅通过病原学检查对患者进行诊断仍存在一定困难[4, 5, 6]。在免疫学检测中, 常见的方法包括:间接免疫荧光抗体试验 (immunofluorescent antibody test, IFAT)、免疫酶联吸附试验(enzyme linked immunosorbent assay, ELISA)以及间接血凝试验(indirect hemagglutination assay, IHA)等, 但检测过程中易出现交叉反应, 可能造成误诊[7]。分子生物学技术是一类敏感性较高的实验室诊断方法, 传统的聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)以及在此基础上发展起来的巢式PCR技术与实时荧光定量PCR技术等均在检测与鉴别巴贝虫和疟原虫中表现出良好的特性。但这类技术往往需要大型的热循环仪完成模板的变性、退火、延伸过程, 在设备匮乏的基层实验室与现场等条件下, 应用存在一定的局限性。

近年来迅速发展的等温扩增技术(isothermal amplification technology)以其恒温条件下通过某些酶对核酸的高效率扩增, 大大降低了对仪器设备的依赖性, 并提高了反应的时效性, 摆脱了核酸扩增中对于实验条件的限制[8, 9]。本文将针对疟原虫与巴贝虫等温扩增检测中应用较为广泛的环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification, LAMP)、重组酶聚合酶扩增技术(recombinase polymerase amplification, RPA)、重组酶介导等温扩增技术(recombinase-aided amplification, RAA)以及依赖解旋酶等温扩增技术(helicase-dependent amplification , HDA)等四种方法进行综述并对其应用前景进行展望。

1 常见等温扩增技术原理及应用
1.1 环介导等温扩增技术与应用

Notomi等[10]于2000年发明的LAMP技术目前已经逐步发展成熟和完善并且已经在多个领域展开了广泛的应用。LAMP的扩增过程较复杂, 依赖靶基因上的六个区域以及由此设计的两组特异性引物完成。其原理为, 链置换型DNA聚合酶在55~65 ℃的温度条件下启动一组引物的反应合成DNA, 然后另一组引物进行链置换形成单链, 被释放出的单链存在互补片段产生大量茎环结构。以此单链DNA作为模板在DNA聚合酶作用下, 启动另一端的复制, 以此方法产生的DNA双链可形成哑铃结构。哑铃结构以自身作为模板, 同时在3'端与同侧的互补片段区域同时启动复制, 形成新的茎环结构与被置换的互补链, 如此往复产生大量长短不一的DNA片段。LAMP技术扩增的产物可以直接通过肉眼观察, 反应过程中形成的大量焦磷酸根离子聚集成白色沉淀, 可以此判断是否有产物出现[11]。除此之外还可通过实时荧光信号、琼脂糖凝胶电泳等方法对LAMP的产物进行检测[12, 13]。该技术实现了恒温扩增, 但温度条件的要求仍然远高于室温, 且引物设计过程较为复杂。尽管如此, LAMP技术作为一项发展较为成熟的等温扩增手段具有成本低、敏感性强、特异性高、稳定性高等优势, 随着LAMP的不断发展, 这类检测技术在病原检测工作中发挥更大的作用[13, 14]

在各类疟原虫的实验室诊断中LAMP技术以其较强的稳定性和适用性展现出了传统分子生物学检测不具备的优势。与PCR技术相比, LAMP可以在不开管的情况下通过在紫外光下肉眼观察或直接观察是否产生沉淀对产物进行判断。在一项针对疟疾的临床样本检测中, 根据疟原虫属线粒体基因以及卵形疟原虫、间日疟原虫的18S核糖体基因设计的LAMP检测方法最低可分别检测至100、100、1 000个拷贝数的含目的片段阳性质粒。在临床样本试验中, 该技术与巢式PCR技术在检测灵敏度与特异度方面展现出较高的一致性, 且均优于吉姆萨染色后镜检[15]。此外, 在哥伦比亚孕妇的胎盘血与外周血的疟疾筛查项目中[16], 分别比较了光学显微镜检测、快速诊断试剂盒与LAMP三种方法对疑似疟疾患者血液样本的检测能力, 在灵敏度与特异度方面LAMP均优于另外两类方法。一系列研究表明LAMP技术在疟疾的实验室诊断中能够达到巢式PCR的检测水平且优于传统的病原学检测和商业化的试剂盒, 同时不需要巢式PCR长达数小时的反应时间与复杂的仪器。因此, 该技术对于疟疾的诊断有极高的价值。近年来, LAMP技术不断与其他技术结合, 大大提高了该方法的实用性。如利用金纳米粒子的热聚集性结合LAMP开发的一项针对恶性疟原虫的检测技术可以通过生成亲和素-生物素复合物簇实现信号放大, 在恶性疟原虫检测中以其简便的可视化手段避免了扩增子污染问题, 为恶性疟的诊断提供了一种全新的手段[17]

巴贝虫感染者受自身免疫功能影响通常不出现明显症状, 错过及时治疗的感染者体内巴贝虫不能被机体完全清除并在血液中保持较低的虫密度[18]。因此, 对于血液中低虫密度的带虫者, 高度敏感的实验室诊断技术尤为重要。LAMP技术自建立以来便展现了极高的检测敏感性。吴芬等[19]根据田鼠巴贝虫细胞色素B基因保守序列设计了多套引物并建立了LAMP检测方法。该方法检出限量为0.687 fg/μ L, 而PCR的最低检测量为0.687 pg/μ L, 且在该试验中与疟原虫等其他主要对人类致病的原虫无交叉反应。

1.2 重组酶聚合酶扩增技术与应用

2006年由Twist生物技术公司开发的RPA技术自面世以来逐步在医疗、农业、食品安全等领域展开了应用[20, 21, 22]。RPA扩增的靶序列长度选择为200~400 bp, 通常在37~42 ℃的温度条件下进行反应, 20~30 min即可完成核酸的扩增以达到可检测水平[23, 24]。反应体系包括:T4噬菌体编码的重组酶蛋白、单链结合蛋白(gp32蛋白)和DNA聚合酶。其原理为重组酶与引物结合并双向扫描靶序列, 在特异性结合位点打开DNA双螺旋结构开始在DNA聚合酶作用下完成复制, 单链结合蛋白与一条单链结合防止发生进一步替换。目前, RPA产物的检测手段主要包括:测流层析试纸条检测法、琼脂糖凝胶电泳法、实时荧光定量检测法等[25, 26]。虽然RPA还存在易受气溶胶污染、特异性相对较差、成本高等问题, 但是此类扩增技术是目前最贴近实际温度条件下的等温扩增技术, 能在保证高敏感性的情况下有效实现病原体的现场快速检测。目前, 为避免琼脂糖凝胶电泳的RPA产物检测中出现气溶胶污染, 结合荧光信号的实时检测与结合测流层析试纸条检测的相关研究开展更为普遍。

与实时荧光定量技术相结合的RPA曾应用于一项诺氏疟原虫的检测中, 对于最低1个拷贝数的阳性质粒可通过荧光信号完成检测[27]。然而, 实时荧光定量技术依赖昂贵的仪器, 在设备简单的实验室无法完成此检测。Lalremruata等[28]分别在疟疾疫苗接种人群与无症状人群中验证了其开发的等温逆转录重组酶聚合酶扩增测流层析检测法。在低虫密度感染的68例疟疾疫苗接种志愿者中, 以逆转录实时荧光定量聚合酶链式反应检测结果作为参照, RT-RPA检测结果灵敏度为88%, 特异度可达到100%。此外, Lalremruata等[28]为简化步骤, 使该方法更适用于现场条件, 设计了一类能够直接检测待测人群血样的RPA试纸条, 可不经核酸提取直接对疑似疟疾患者进行检测。在28例无症状者的筛查中, 灵敏度可达到88%, 特异度为90%。目前, RPA推出了商业化的试剂盒, 酶以冻干粉形式保存, 效果更加稳定, 这也进一步促进了RPA技术在疟疾诊断中的应用[29]

在畜牧业领域, 关于动物易感的吉氏巴贝虫、牛巴贝虫等检测研究不断开展。在这类研究基础上, Nie等[30]开发了针对田鼠巴贝虫线粒体基因的RPA测流层析检测方法。与常规的PCR技术相比, 该方法的敏感性提高了40倍且在与吉氏巴贝虫、东方巴贝虫等同属寄生虫检测中未出现交叉反应。针对临床样本与实验动物样本的评估中RPA也展现了优于PCR的灵敏性。15~30 min的反应时间与更贴近环境温度的反应条件使RPA成为巴贝虫现场检测的新的适宜技术。

1.3 重组酶介导的等温扩增技术与应用

2011年开发的RAA技术与RPA技术在原理和反应条件等方面类似[31], 区别在于反应过程中重组酶的来源。RPA扩增中重组酶来源于T4噬菌体, 而RAA扩增采用的是某些细菌或真菌中提取出的重组酶[32]。与RPA技术相比, RAA能够在保证反应敏感性与特异性的同时降低检测工作中所需的成本。RAA的扩增产物同样主要使用琼脂糖凝胶电泳法、实时荧光定量法、测流层析试纸条法进行检测。作为一类最新型的等温扩增技术, RAA的反应体系还存在稳定性相对较差的问题, 但随着相关应用的逐步开展, 该方法以其较低的成本在现场检测工作的应用中展现出了良好的适用性。

郑伟等[33]建立了一项针对疟原虫的RAA实时荧光检测, 最低可对100个拷贝的阳性质粒进行扩增。目前, 该技术在棘球绦虫、日本血吸虫、利什曼原虫的检测中均展开了相关研究, 这为RAA在疟原虫与巴贝虫检测领域相关研究的进一步开展提供了丰富的理论依据与技术支持。

1.4 依赖解旋酶等温扩增技术与应用

HDA是美国NEB公司在2004年发明的等温扩增技术, 其原理相对简单, 是仿照活体细胞内的核酸复制方式进行[34]。反应体系主要包括DNA解旋酶、单链结合蛋白、DNA聚合酶、正反向引物与模板。反应过程为:在DNA解旋酶作用下, 模板打开双链, 再由单链结合蛋白结合打开的双链使其保持稳定, 最后在DNA聚合酶作用下进行引物的延伸, 完成复制过程。根据解旋酶的不同, 可以将其分为常温HDA、耐热HDA、环状HDA等[35]。HDA技术可以结合琼脂糖凝胶电泳与实时荧光技术等对扩增产物进行检测。其优点是该技术扩增效率高、引物设计简单、对于样本要求较低。但HDA也存在一系列问题, 包括对扩增靶序列的长度要求较为严格、酶成本高等。目前, 随着HDA相关技术的完善与进步, 该技术已经逐步在环境监测、临床检查等领域展开应用。

在一项针对疑似疟疾患者血液样本的筛查实验中, Li等[36]开发了一类依赖嗜热解旋酶等温扩增技术, 将88份未经核酸提取的可能患有巴贝虫病或疟疾的患者血液样本直接通过疟原虫属引物进行扩增, 扩增产物与探针结合实现可视化检测。此批样本以吉姆萨染色后涂片镜检与核酸序列依赖性扩增技术检测结果作为金标准。样本的HDA检测结果显示其灵敏度与特异度均达到较高的水平。该实验过程中省略了核酸提取步骤, 仅需2 μ L人血液样本即可完成检测, 除水浴锅外不需要其他设备。其简便的操作过程与对仪器设备的低依赖性适用于现场条件下的疟疾诊断工作。同时, 也为其他血液原虫的现场快速检测提供了可行的方案。

2 前景与展望

目前, 全球疟疾流行范围逐渐缩小, 但在主要流行区死亡人数仍居高不下[37]。巴贝虫感染者在免疫水平正常的情况下无明显临床症状。因此, 巴贝虫病存在经输血传播的风险[38]。在两种疾病同时存在潜在流行风险的地区, 及时、有效地诊断对于控制疟疾与巴贝虫病的暴发和传播意义重大。但巴贝虫病与疟疾因其感染时相似的症状与显微镜下难以区分的形态学特征而常出现误诊的情况[4]。近年来, 多有巴贝虫病例误诊为疟疾的案例报道, 为疟疾的防治工作带来了一定影响, 同时延误了患者的治疗[39, 40]。因此, 为了有效控制这两类寄生虫病的传播和流行并提高疾病防治能力, 亟需建立与开发能够准确、快速鉴别诊断两类寄生虫病的等温扩增检测方法应用于实验设备匮乏的地区。

上述四类在疟疾与巴贝虫检测中应用较为广泛的等温扩增技术在原理、条件、检测方式上存在一定差异。其中, LAMP技术的发展已经日渐完善, 在此基础上结合其他可视化技术发展起来的检测方法也逐步应用于两类寄生虫的诊断中。HDA技术的主要优势在于样本的选择上要求较低, 可以通过血液样本直接进行扩增与检测, 省略了核酸提取步骤, 更适用于现场应用。近年来在多个领域开展大量研究的RPA与RAA技术以其室温条件下的高效率扩增展现出了在疟疾与巴贝虫病诊断中巨大的应用价值。

未来, 等温扩增技术的发展可围绕以下几个方面开展, 一是解决检测过程中扩增子的污染, 提高诊断的特异性; 二是提高反应体系稳定性与可重复性; 三是结合新型检测技术, 开发更加不依赖设备且易操作的检测模式。等温扩增技术与传统PCR技术相比优势明显, 随着不断的改进与创新, 未来能够在疟疾与巴贝虫的检测与鉴别诊断中展现更大的潜力。

伦理批准和患者知情同意 本研究不涉及伦理批准和患者知情同意

利益冲突 作者声明无利益冲突

编辑:黄艳

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