登革热防控研究专栏Ⅱ
胡敏玲, 张晓晴, 郭祥, 刘晓华, Jone Jama Kpanda Ngobeh, 李紫瑶, 赵令斋, 陈海洋, 葛柳, 曾淑, 任文雯, 张复春, 周晓红
目的 基于全球统一DENV-1基因分型协同监测策略构建纳米孔测序溯源技术体系,并初步应用于患者血清样本测试。方法 基于全球DENV整合序列资源数据库GISDD v1.2.1中DENV-1全基因组序列集,利用MEGA 7.0、primer-BLAST、MPprimer和GISDDrPrimer软件筛选、设计和评价特异性的靶向多重PCR引物对;提取血清样本RNA和逆转录;16对引物分配至2个引物池,多重PCR扩增靶标基因组序列;使用磁珠纯化,根据SQK-LSK109试剂盒操作流程构建文库,使用MinION测序;分析测序数据并组装基因组,以GISDD基因分型平台进行溯源分析。结果 设计并鉴定了16对与GISDD所收录基因组序列具有高覆盖度的DENV-1引物,建立了DENV-1特异性多重PCR靶向纳米孔高通量测序技术体系。初步应用于13例广州登革热患者血清样本的全基因组检测,读长(reads)平均长度中值为1 668.00 bp,测序平均质量中值为9.30,比对率中值为97.90%,比对上参考基因组NV46的平均长度中值为 1 677.90 bp,基因组平均深度中值为12 886.40×。进一步基于GISDD基因分型和溯源分析发现,9个隶属DENV-1基因分支1E1、3个为1L1、1个为5C1。结论 纳米孔测序DENV-1全基因组检测体系稳定可靠,可获得高质量DENV-1全基因组序列,为登革热疫情暴发中DENV-1基因组的快速侦检与溯源追踪提供了有效的技术方案,为建立登革热的全球协同监测控制体系奠定技术基础。